Для осуществления обработки и хранения грузов Южный речной порт использует несколько типов складских помещений:
четыре двухэтажных холодных капитальных склада, оборудованных грузовыми лифтами. Площадь этажа – 3000 кв.м. Склады оборудованы пандусом, вдоль складов проходит железнодорожная ветка;
один одноэтажный холодный капитальный склад, поделенный на боксы по 300 кв.м. и 700 кв.м;
теплые капитальные склады, боксы, площадью от 50 кв.м. до 800 кв. м;
девятнадцать ангаров, представляющие собой арочные сборно-разборные металлоконструкции. Площадь ангаров – от 350 кв.м. до 750 кв. м;
открытые оборудованные бетонированные площадки для хранения грузов, не боящихся атмосферных осадков. Площадь от 100 кв.м. до 10000 кв. м.
Общая площадь складских помещений — 87 000 квадратных метров.
Для работы в складских помещениях Южный речной порт имеет в распоряжении современное погрузо-разгрузочное оборудование, необходимое для обработки грузов в любой упаковке, весом от 0,5 т до 7 т.